Możesz i tak i tak, tylko przez TWRP będziesz potrzebował pełnej paczki z romem, nie OTA. TWRP zostanie, powinieneś zrobić factory reset (wpie data, dalvik, cache). Sformatowanie /system też nie powinno zaszkodzić. Tylko drobna uwaga - nie wiem jak jest na Mi9 bo akurat na tym modelu nie używałem TWRP, ale może być potrzebne wgranie paczki typu "no-verity-opt-encrypt" bo może system się położyć na weryfikacji, przez otwarty BL. Co do Magisk, to niech napisze ktoś kto używa, w teorii powinien działać, ale jak jest na prawdę to nie wiem.