Chyba trafiłeś na wyjątkowy przypadek. Normalne skanowanie nie usuwa dużych plików, bo skanuje tylko cache, reklamy, instalatory czy resztki. Tutaj faktycznie mogło być mało pamięci i program zaproponował usunięcie dużych plików jak pliki romu czy filmy. Z rozpędu dałeś wyczyść. Teoretycznie takiej sytuacji można było zapobiec dając ważne pliki do wyjątków. Np. na liście dużych plików w Zaawansowane naciskasz na ptaszek i tam na Zablokowane (tu chyba zmienię tłumaczenie na Wyjątek albo coś w tym stylu).
Wtedy plik znika z listy.