Walczyłem z tym kilka razy - co pomogło ostatnio:
1: Odinstalowanie sklonowanych aplikacji
2: Usunięcie zapisanych kart płatniczych z poziomu accounts.google.com
3: Usunięcie kart z portfela (nie zsynchronizował się po usunięciu kart via web)
4: Wyczyszczenie pamięci podręcznej i danych - portfel Google
5: Deinstalacja Portfela Google
6 : Reinstal MIUI (o telefonie -> stukanie w logo MIUI i pobranie świeżej kopii MIUI)
7: Uruchomienie sklonowanych aplikacji - przy prośbie o konto Google podałem dane, ale NIE PRZYWRACAŁEM ŻADNYCH USTAWIEŃ Z KOPII ZAPASOWEJ
8: Instalacja Portfela i dodanie kart - zsynchronizowały się - w webowej aplikacji widać
9: Zmiana trybu NFC na "Portfel HCE"
Nie wiem, co tutaj tutaj pomogło, bo dużo zmian za jednym razem, ale na razie działa. Osobiście przypuszczam, że problem lezy po stronie przywrócenia ustawień Google w czasie uruchamiania aplikacji sklonowanej, ale to moje przypuszczenia. Jeśli działać przestanie - dam znać